Новости

В продаже появился набор для выявления микросателлитной нестабильности (MSI) Microsatellite Instability Detection Kit 10805095.

Микросателлиты – участки генома, состоящие из коротких тандемных повторов (состоящих из мономеров со средней длиной в 1-6 н.п.) 1. Они могут возникнуть в любом месте генома, чаще всего это следствие проскальзывания цепей ДНК при репликации 2. Как правило, такие ошибки устраняет система репарации неспаренных оснований MMR (mismatch repair), состоящая из белков MSH2, MLH1, PMS1, PMS2, MSH6 и MSH3 3.

Нарушение функционирования любого из них ведет к дефициту MMR (MMR deficiency, dMMR) 4 и микросателлитной нестабильности – изменению длины микросателлит 1. Врожденная микросателлитная нестабильность значительно повышает риск развития рака, но это достаточно редкое явление: чаще всего (85-52%) нестабильность возникает спорадически в клетках опухоли 5. Это состояние обычно обозначают как MSI-H (high microsatellite instability), а стабильность – как MSS (microsatellite stability). Ранее выделяли также нестабильность низкого уровня MSI-L (low microsatellite instability) 6, но сейчас при выявлении MSI-L рекомендуется повторное тестирование другим методом 2, 7, 8.

Микросателлитная нестабильность, как и BRAF и NRAS/KRAS-статус, а также мутационная нагрузка:

• 1. Важный предиктивный маркер выбора стратегии лечения 8, 9. Прогноз зависит от типа нозологии
• 2. Например, при колоректальном раке и раке желудка благоприятным считается MSI-H 6

Статус MSI определяется иммуногистохимически, с помощью секвенирования по Сэнгеру или секвенирования нового поколения 7. Секвенирование по Сэнгеру обладает высокой специфичностью и чувствительностью, оно рекомендуется при подозрении на ложноотрицательный результат после ИГХ 7 и при планировании лечения больных колоректальным раком 9.

Стандартная панель состоит из пяти локусов, рекомендованных Национальным институтом онкологии США, два из которых содержат мононуклеотидный повтор (BAT-25, BAT-26), а три – динуклеотидные повторы (D2S123, D5S346 и D17S250) 2, 10.

Новый набор Microread учитывает все современные рекомендации по микросателлитной нестабильности. В качестве стартового материала используется два образца ДНК, выделенной из парафиновых блоков, на пациента: один – из опухолевой ткани, а другой – из нормальной.

Набор основан на секвенировании по Сэнгеру, для получения результата подходят анализаторы Applied Biosystems 3500 и другие.

• 1. Детектирует изменения во всех локусах, рекомендованных NCI: NR-21, BAT-26, NR-27, BAT-25, NR-24, а также в локусе MONO-27 10
• 2. Три дополнительных локуса для внутреннего контроля: PENTA C, PENTA D и Amel
• 3. Высокая специфичность теста
• 4. Удобный формат амплификации в одной пробирке
• 5. 3 часа от начала эксперимента до результата, 20 минут работы руками
• 6. UDG-защита от контаминации

1. Garrido-Ramos, M. Satellite DNA: An Evolving Topic. Genes 8, 230 (2017).
2. Li, K., Luo, H., Huang, L., Luo, H. & Zhu, X. Microsatellite instability: a review of what the oncologist should know. Cancer Cell Int. 20, 16 (2020).
3. Li, G.-M. Mechanisms and functions of DNA mismatch repair. Cell Res. 18, 85–98 (2008).
4. Nikiforova, M. N. & Nikiforov, Y. E. Molecular Anatomic Pathology. in Diagnostic Immunohistochemistry 42–57 (Elsevier, 2011). doi:10.1016/B978-1-4160-5766-6.00006-6.
5. Latham, A. et al. Microsatellite Instability Is Associated With the Presence of Lynch Syndrome Pan-Cancer. J. Clin. Oncol. 37, 286–295 (2019).
6. Bonneville, R. et al. Detection of Microsatellite Instability Biomarkers via Next-Generation Sequencing. in Biomarkers for Immunotherapy of Cancer (eds. Thurin, M., Cesano, A. & Marincola, F. M.) vol. 2055 119–132 (Springer New York, 2020).
7. Tryakin, A. A. et al. Microsatellite instability as a unique characteristic of tumors and a predictor of response to immune therapy. Malig. Tumours 9, 59–69 (2020).
8. Luchini, C. et al. ESMO recommendations on microsatellite instability testing for immunotherapy in cancer, and its relationship with PD-1/PD-L1 expression and tumour mutational burden: a systematic review-based approach. Ann. Oncol. 30, 1232–1243 (2019).
9. Benson, A. B. et al. Colon Cancer, Version 1.2017, NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology. J. Natl. Compr. Canc. Netw. 15, 370–398 (2017).
10. Boland, C. R. et al. A National Cancer Institute Workshop on Microsatellite Instability for cancer detection and familial predisposition: development of international criteria for the determination of microsatellite instability in colorectal cancer. Cancer Res. 58, 5248–5257 (1998).