Новости

Проведена успешная апробация методики HLA-типирования на высоком разрешении по 11 локусам по технологии длинных прочтений Oxford Nanopore на отечественном нанопоровом секвенаторе Нанопорус.

Вся процедура от момента получения ДНК до результата занимает всего 3 часа!

Компания GenDx, одна из лидеров в разработке наборов реагентов и программного обеспечения для высокоразрешающего HLA типирования, недавно анонсировала создание готового коммерческого продукта HLA NGS TURBO в комплекте с программным обеспечением NGSengine-Turbo.

Внедрение нового метода произошло благодаря тому, что технология нанопорового секвенирования достигла такого уровня точности (Q20+), при котором стало возможно детектировать сильно полиморфные участки генома, такие как HLA регион.

Сотрудниками нашей компании БиоХимМак совместно с лабораторией исследований генома Института теоретической и экспериментальной биофизики (ИТЭБ РАН, г. Пущино), а также сотрудниками НМИЦ Гематологии, г. Москва, проведена успешная апробация нового метода типирования с использованием нанопорового секвенатора «Нанопорус». 

Секвенатор разработан компанией Нанопорус совместно с АНО Институтом инженерной физики (г. Серпухов) и представляет собой отечественный улучшенный аналог секвенатора MinION (Oxford Nanopore).

Мы взяли для опыта два уже типированных ранее на платформе MiSeq (Illumina) образца и проанализировали их последовательно.

1. Мы полностью подтвердили генотипы, полученные при секвенировании на платформе MiSeq (Illumina).
2. В ходе апробации мы получили результаты типирования на более высоком уровне разрешения без неоднозначностей, лишенное P- и G-групп, присутствовавших в контрольных данных, полученных при секвенировании на платформе MiSeq (Illumina).
3. Большая длина прочтений также сводит к минимуму риск неполного фазирования. Возможность видеть соседние гетерозиготные позиции позволила однозначно подтвердить открытие нового аллеля у одного из образцов, который был специально выбран для анализа сотрудниками НМИЦ Гематологии и требовал подтверждающего типирования для регистрации нового аллеля.
4. Для анализа подходят образцы с концентрацией всего 4 нг/мкл.
5. Высокоразрешающее HLA типирование по технологии Oxford Nanopore позволяет провести срочный тест у постели больного всего за три часа, нет необходимости в дорогом оборудовании, возможность использовать повторно ячейки до 6-12 раз.

Все компоненты для проведения теста (реагенты, оборудование и программное обеспечение) доступны для заказа в БиоХимМак. Запросы принимаются по адресу hla@biochemmack.ru